Klasik Merimde MÖ 4500 sonrası katmanlarda mimari değişim gözlemlenir. Oval veya at nalı biçiminde, zeminleri toprağın içine yaklaşık 40-50 cm kazılmış Yarı-Yeraltı Evleri inşa edilmiştir. Duvarlar, kerpiç tuğla yerine, çamur topaklarının elle şekillendirilip üst üste yığılmasıyla (veya ilkel pisé tekniği) oluşturulmuştur. Çatıların ahşap direklerle desteklendiği ve kamışla örtüldüğü, zeminlerde ise suaygırı kemiklerinin kapı eşiği olarak kullanıldığı tespit edilmiştir. Merimde, Mısır’da tarımsal organizasyonun kurumsallaştığı ilk merkezlerden biridir. Yerleşim alanında bulunan sepet örgüsü izleri taşıyan çamur sıvalı çukurlar, Tahıl Siloları olarak tanımlanmıştır. Bu siloların evlerin arasına, ortak kullanım alanlarına değil de bireysel konutların içine veya hemen yanına inşa edilmesi, Özel Mülkiyet kavramının ve hane halkı ekonomisinin geliştiğini gösterir. Emmer buğdayı, arpa, mercimek ve bezelye tarımı yapılırken domuz, sığır ve koyun evcilleştirilmiştir. Ancak Nil Deltası’nın ekolojisi gereği balıkçılık ve su aygırı avcılığı önemli bir parçayı oluşturmaya devam etmiştir.
Aşağı Mısır (Merimde) kültürü ile Yukarı Mısır (Badari/Naqada) kültürü arasındaki en keskin fark, cenaze törenlerinde ortaya çıkar. Güneyde ölüler yerleşim dışındaki özel mezarlıklara (Nekropol) gömülürken; Merimde halkı ölülerini yerleşim içine (intramural), terk edilmiş silolara veya evlerin zeminine açılan basit çukurlara gömmüştür. Cesetler genellikle sağ yanına yatırılmış, dizler karına çekik (hocker/cenin) pozisyonda ve başları güneydoğuya bakacak şekilde yerleştirilmiştir. Merimde mezarları Eşitlikçi (Egalitarian) bir sosyal yapıyı yansıtır. Mezarlarda seramik, takı veya statü sembolü neredeyse hiç yoktur. Bu durum, Merimde toplumunda sosyal hiyerarşinin Güney’deki gibi katı olmadığını veya öteki dünya inancının “maddi eşya” odaklı gelişmediğini düşündürmektedir. Merimde seramikleri, saman katkılı kaba hamurlu kaplardan, özenle perdahlanmış (burnished) kırmızı ve siyah kaplara kadar çeşitlilik gösterir. En karakteristik bezeme, “Balıksırtı Deseni” (Herringbone Pattern) olarak bilinen, ıslak kil üzerine kazınmış geometrik motiflerdir. Ancak
yerleşimin en etkili bulgusu, Mısır sanat tarihinin başlangıç noktası kabul edilen Merimde Başı (Merimde Head) adlı eserdir. Pişmiş topraktan yapılmış, yaklaşık 11 cm yüksekliğindeki bu antropomorfik (insan biçimli) baş, Mısır’da bilinen en eski üç boyutlu insan tasviridir. Başın alt kısmındaki delikler, bunun bir sopaya veya standa takılarak ritüelistik amaçlarla muhtemelen bir ata kültü veya bereket idolü olarak kullanıldığını düşündürmektedir. Yüz hatlarındaki ilkel ama dışavurumcu tarzı Afrika maske sanatıyla paralellikler taşır. Merimde’nin taş alet endüstrisi incelendiğinde, iki yüzü işlenmiş aletler, saplı ok uçları ve orak bıçakları görülür. Eiwanger, bu taş alet teknolojisinin ve bazı seramik formlarının, Doğu Akdeniz (Levant) kökenli Neolitik B kültürüyle benzerlik gösterdiğini belirtir. Bu durum, Sina Yarımadası üzerinden Kuzey Afrika ile Asya arasında kültürel ve teknolojik bir yayılım MÖ 5. binyılda aktif olduğunu kanıtlar.
